很久很久以前，如今北仑区穿山半岛的南部沿海滩涂中星罗棋布地环列着九丛荒山岛屿。这些岛屿与北部大陆(今白峰镇)的太白山余脉相连，涂滩相通。千万年来，由于火山活动、地震、海啸、风暴等自然灾害的影响，逐渐被海潮冲蚀成横贯东西的梅山江和纵横南北的三江浦。从此，九丛荒山岛屿与大陆分离。当时荒岛中没有定居的先民，古木参天，禽兽出没，也没有岛名。根据宋代《宝庆志》上记载称本地区：“盐卤之地滨海孤绝处”。
明代洪武十六年(公元1387年)，朝廷派遣信国公兼沿海制置使汤和设置郭巨所、大嵩巡检司(原梅山村)后，明官兵在这里设置炮台、烽火台(原炮台村)，抗御倭寇。当时山涧中梅树丛生。隆冬时节，梅花盛开，芳香飘谷；初夏时节，梅子压枝，令人馋涎欲滴。涧下有水坑，平时溪水汩汩、清凉甘甜。沿海军民经常在梅树坑中(今炮台岗下附近)汲取溪水。从此梅树坑、梅子山因此得名。
到了清代康熙年间，原梅山村李氏祖先从郭巨所石鼓弄迁居梅子山定居，并于乾隆年间在这里(今庙湾畈)建梅子山庙，神祀“汉室孤忠”梅福。后来经过二百余年的生息繁衍，在人口骤增的同时，耕地也成倍增加。到了道光年间，居民就以梅山命村名。后来从柴桥迁居炮台下的李氏也以炮台名村名；居住盘峙岙的贺氏、朱氏、李氏等居民以盘峙命村名；居住洪家山一带的洪氏、贺氏等居民以碑塔命村名。直到道光壬年(公元1830年)前，当时四个村都定居在梅山岛东部的一个小岛上，同定居梅西地区七个村的霞岸岛间隔一条三江浦。东西两岛居民如果走亲访友或贸易往来，必须乘坐竹筏或木桶当作渡江工具进行往返。
清代道光壬辰年秋(公元1830年)，东西两岛居民在三江浦南北两端筑八百亩塘，从此两岛合一，行政隶属镇海县三都一图(原郭巨镇)。
经过三百多年的伐薪烧荒、造田垦植，梅子山附近山坡涧谷中的梅树已被砍尽伐绝，但是，梅树那种素影横斜的婀娜枝条、沁人肺腑的芳香和凌寒独放的品格，却令人永志难忘。
到了民国五年(公元1915年)，全国实行了乡(镇)村建制后，本岛以村命乡名，于是称梅山乡，隶属柴桥镇。公元1953年-1986年后隶属郭巨区，公元1987年-2007年隶属北仑。
2008年2月24日，国务院正式批准设立宁波梅山保税港区。这是继上海洋山、天津东疆、大连大窑湾、海南洋浦之后的中国第5个保税港区。
